Totalmente de acuerdo con el punto sobre el aislamiento de señales analógicas. En domótica, los sensores de temperatura o humedad suelen ser muy sensibles al ruido de las fuentes de alimentación. Más allá de los filtros de paso bajo, he visto que usar planos de tierra separados para la parte analógica y digital en el PCB reduce drásticamente las interferencias. KiCad permite hacer esto fácilmente con capas dedicadas, aunque requiere ajustar las reglas de DRC para evitar cortocircuitos.
Respecto a las herramientas, Altium es potente pero caro; para proyectos DIY, KiCad con la extensión SPICE para simulación de EMI puede ser suficiente si se configuran bien los modelos de componentes. ¿Has experimentado con blindajes de cobre en áreas críticas del PCB para proteger las señales de Zigbee? Eso combinado con un buen enrutamiento puede evitar problemas sin necesidad de herramientas avanzadas.