El enfoque de dotfiles con GNU Stow es sólido, especialmente para mantener consistencia entre máquinas. Yo también uso un repo similar, pero añado Ansible para automatizar la instalación de dependencias del sistema, no solo enlaces simbólicos. En cuanto a tmux, sí, es imprescindible para sesiones remotas; lo combino con tmuxinator para predefinir layouts de ventanas por proyecto, lo que acelera el setup en servidores.
Para el debate IDE vs Editor, creo que se subestima el impacto de los LSP nativos. En VS Code, desactivar extensiones que duplican funcionalidad del LSP (como algunos linters) reduce la latencia significativamente. En mi configuración, solo mantengo el cliente LSP, un formateador, y una herramienta de debugging integrada. En CLI, además de fzf y ripgrep, recomiendo exa como reemplazo de ls con soporte para íconos y metadatos, que mejora la legibilidad en terminales modernas.
¿Has considerado usar direnv para gestionar variables de entorno por proyecto automáticamente? Se integra bien con zsh y evita errores de configuración en entornos multi-lenguaje.