La herramienta integrada está bien para empezar, pero si te tomas los backups en serio, Proxmox Backup Server (PBS) es el camino. Es gratuito y espectacular. Te da backups incrementales y deduplicados, lo que ahorra un espacio increíble. Puedes instalarlo en una VM o en un hardware separado.
Para guardarlos en un NAS, simplemente monta un recurso compartido de tu NAS (NFS o SMB/CIFS) en el servidor de PBS y úsalo como "datastore".